在手游《星际探险家》中，运输船可以与以下船只搭配使用：

战斗舰船：

在面临敌方攻击时，使用战斗舰船作为防御，保护运输船的安全。

侦察船：

将运输船打造成侦察船，用于侦察敌方星系和资源点，为玩家提供重要的情报信息。

补给船：

在长途航行或大规模战斗中，补给船可以为运输船和其他舰船提供必要的物资补给，确保战斗的持续性和舰队的生存能力。

建议

平衡防御与进攻：在搭配船只时，要平衡运输船的防御能力和进攻能力，确保在运输资源的同时，也能有效应对敌方的攻击。

根据任务需求调整：根据不同的任务需求，灵活调整运输船的搭配。例如，在资源运输任务中，可以多搭配补给船；在战斗任务中，则应加强战斗舰船的数量和等级。

升级与维护：不断升级运输船，提高其运载量、速度和耐久度，以适应日益严峻的宇宙环境。同时，定期对运输船进行维护和修理，确保其处于最佳状态。