战令系统最早的手游是 《王者荣耀》。在《王者荣耀》中，战令系统是游戏内的一种奖励机制，玩家通过完成游戏内的各种任务来提升战令等级，从而获得相应的奖励。这种系统在《王者荣耀》中得到了广泛的推广和应用，并成为了许多后续手游的借鉴对象。

尽管有资料提到战令系统的原型可以追溯到DOTA的TI本子系列，并且后来被《堡垒之夜》发扬光大，但这些信息并不准确，因为战令系统并非起源于DOTA或《堡垒之夜》，而是首先在《王者荣耀》中引入并流行起来的。

因此，可以得出结论，战令系统最早的手游是《王者荣耀》。