万智牌手游下架的原因主要有以下几点：

法律与政策因素

教育部门封杀：由于万智牌等集换式卡牌游戏存在可能涉及赌博的问题，并且有家长反映孩子骗钱去买牌，教育部门对万智牌在中小学的推广下了封杀令。这种政策差异导致万智牌在校园内的推广受到限制。

体育总局与文化部的政策冲突：当时，体育总局在推广万智牌，而教育部则下达了封杀令，这种部门之间的政策不一致对万智牌的推广造成了负面影响。

游戏本身的问题

《万智牌：传奇》停服：《万智牌：传奇》在经历了令人失望的Beta测试后，因各种问题饱受批评，最终于2021年10月31日停服，所有在Arc平台和Epic游戏商店内消费的玩家均会获得全额退款。

市场与玩家反馈

付费道具和通行证定价问题：游戏内付费道具和通行证的定价较高，导致玩家不满。

游戏玩法问题：资深玩家批评《万智牌：传奇》缺乏有趣的选择，玩法层面存在不足。

社会与文化因素

涉及赌博的担忧：万智牌因其涉及金钱交易，被一些家长和媒体视为赌博行为，从而影响了其在青少年群体中的推广。

综上所述，万智牌手游下架的原因是多方面的，包括法律与政策限制、游戏本身的问题、市场与玩家反馈以及社会与文化因素。这些因素共同作用，最终导致万智牌手游在市场上的消失。