《瘟疫公司》手游从国服Apple Store下架的原因可能 是因为苹果商店新规。根据网络流传的信息，苹果商店新规要求付费或含内购游戏上架需要提供“批准文号”（版号），并且此规则实施期限为6月30日。而《瘟疫公司》可能未能及时提供符合新规定的版号，导致其从App Store下架。

此外，也有观点认为游戏内容可能存在问题，例如游戏在通关时会显示已经消灭了地球上所有的生物，这与当前倡导的价值观不符，可能因此遭到下架。

综合来看，苹果商店的新规和内容问题都可能是导致《瘟疫公司》手游下架的原因。