在《神武手游》中，武侯门派属于物理输出门派，因此需要镶嵌能够增强物理攻击力的宝石。以下是针对武侯门派推荐的宝石类型：

红宝石：

增加力量属性，提高物理攻击力。

黄宝石：

增加体质属性，提高生存能力。

蓝宝石：

增加耐力和敏捷属性，提高速度和闪避率。

绿宝石：

增加体质属性和耐属性，提高生存能力和抗怪能力。

此外，对于物理系输出门派，太阳石是必须镶嵌的宝石，它只能在武器和帽子两个部位进行锻炼，能够增强角色的物理攻击力和法力值。

综上所述，武侯门派在镶嵌宝石时，可以选择红宝石、黄宝石、蓝宝石和绿宝石来增强角色的战斗能力，同时太阳石也是不可或缺的宝石，用于提升物理攻击力和法力值。