当手机被扣押时，其处理方式主要取决于手机内是否包含与案件相关的证据以及案件的具体情况。以下是几种可能的情况：

作为犯罪证据扣押

如果手机内含有与案件相关的证据，如通话记录、短信、照片等，公安机关会将其作为证物暂时扣留。在拘留期间，手机由拘留所登记并统一保管，在释放后予以归还。

作为犯罪工具没收

如果手机被认定为犯罪工具，例如用于联系、纠集人员作案，法院在判决时可能会没收该手机，并将其上交国库。

与案件无关的暂扣

如果手机内没有与案件相关的材料，公安机关会暂行保管，并在释放后予以归还。

扣押期间的保管

在扣押期间，手机会被妥善保管，以防止其损坏或丢失。警方会对手机中的数据进行检查和分析，但会遵循法律规定和程序，保障公民的合法权益。

退还程序

如果手机被证实与案件无关，公安部门通常会在三日内退还给当事人。当事人需要提供扣押时的相关证明，如收据，以确保所有权。

申诉或控告

如果当事人对手机被扣押有异议，可以向该派出所或其上级公安机关申诉或控告。公安机关在扣押手机时应当出具收据，并在案件结案或证明手机与案件无关后退还。

建议

保持沟通：如果手机被扣押，建议与办案单位保持沟通，了解手机的具体处理情况，并在必要时提供相关证据以证明手机与案件无关。

咨询律师：在手机被扣押的情况下，咨询专业律师可以提供法律帮助，确保自己的合法权益不受侵害。

保留证据：保留与手机扣押相关的所有文件和记录，以便在需要时作为证据使用。