如果您的手机流量超额导致被扣费，您可以采取以下步骤来申请退款：

联系运营商客服

拨打对应运营商的客服电话，例如中国移动的10086，中国联通的10010，中国电信的10000，中国广电的10099。

向客服表达您对扣费的疑虑和不满，明确指出您并没有同意在流量用尽后继续购买额外流量。

如果客服提到已发送短信通知，要求客服提供您收到短信的证据，并确认您是否真正理解并同意了短信内容。

如果客服拒绝退款，要求客服提供扣费的具体原因和依据，并明确表示如果未经您同意就扣费，您将采取进一步行动。

通过工信部投诉

如果通过客服电话沟通未能解决问题，您可以拨打工信部投诉电话12300。

向工信部工作人员详细描述您的情况，包括扣费时间、金额和运营商的相关信息。

工信部是监管运营商行为的政府机构，投诉一旦进入处理流程，通常能迅速得到回应，并帮助您退回被扣费用。

使用在线投诉平台

您还可以通过微信搜索工信部公众号或直接访问运营商的在线投诉平台进行投诉。

在投诉平台上填写相关信息，包括被申诉的运营商、所属地区、投诉时间以及您的个人信息。

提交申诉后，通常会在1-3个工作日内收到工信部或运营商会与您联系协商处理。

准备相关证据

在与客服沟通或提交投诉时，准备好相关的证据，如扣费记录、短信通知截图等，以便在需要时提供。

通过以上步骤，您应该能够顺利申请退回因流量超额而被扣的费用。如果遇到运营商拒绝退款的情况，不要放弃，坚持通过官方渠道进行维权。