在侦查阶段，如果手机被认定为与案件无关，公安机关应在 三日以内解除扣押并予以返还。如果案件已经进入检察院审查起诉阶段或法院审理阶段，并且手机被认定为作案工具，则可能会被依法没收。但如果手机与案件无关，或者案件审结后不再作为证据保存，手机应当返还给原主人。

对于手机被扣押后的取回流程，以下是一些建议：

案件结束且手机无关

向警方提交取回申请，附上购买凭证、使用记录等证明材料。

等待审核通过后取回手机。

案件结束但手机仍涉及调查

与警方沟通，了解具体调查进展。

待调查结束后方可申请取回手机，并要求警方妥善保管手机。

手机被没收的情况

如果手机在法院审理阶段被认定为作案工具并被依法没收，则通常无法取回。

如果存在特殊情况或认为没收不当，可以咨询律师后再决定下一步行动。

其他注意事项

在申请取回手机时，应确保提供充分的证明材料以证明手机与案件无关。

如果手机被扣押时间较长，可以咨询律师或相关部门了解是否有额外的补偿或补救措施。

根据以上信息，如果您的手机在侦查阶段被扣押且与案件无关，您应尽快向公安机关提交取回申请，并提供相关证明材料。如果案件仍在进行中或存在其他复杂性，建议咨询专业律师以获得更详细的指导和帮助。