16G手机显示只有12G的原因主要有以下几点：

厂商计算方式的不同

厂商通常按照1GB = 1000MB来计算内存，而计算机系统则按照1GB = 1024MB来计算。因此，实际可用的内存会少于标称容量。

系统文件和隐藏文件

手机系统中包含了大量的系统文件和隐藏文件，这些文件占据了部分内存空间，导致用户实际可用的内存减少。

预装软件

手机在出厂前会预装一些软件和应用，这些软件也会占用一定的内存空间。

虚拟内存

为了提高系统性能，手机会将部分内存作为虚拟内存使用，这部分内存也是不可用的。

系统占用

手机系统本身也需要占用一定的内存空间，通常在2-4GB之间。

综上所述，16G手机显示只有12G是正常现象，主要是因为厂商计算方式的不同、系统文件和隐藏文件的占用、预装软件以及虚拟内存的使用等原因导致的。如果需要更详细的信息，可以通过手机设置中的“关于手机”功能查看具体占用的内存情况，并尝试清理缓存和卸载不常用的软件来释放空间。