MT管理器在尝试破解手游时可能会遇到以下挑战：

资源混淆：

许多手游采用资源混淆技术来防止逆向工程。这包括将资源名称替换为如`R.xxx.MT_Bin`这样的形式，使得通过常规手段难以找到和修改这些资源。

反编译难度：

即使能够反编译APK，由于资源名称的更改和代码的复杂性，找到需要修改的具体部分可能非常困难。

加密和加壳：

一些手游在发布前会进行加壳处理，这会增加反编译和破解的难度。

网络请求和数据包抓取：

某些游戏的数据更新和验证可能通过网络进行，需要抓取和分析网络请求才能找到破解点。这通常需要高级的网络分析工具和技术。

法律和道德问题：

破解游戏不仅违反了版权法，也可能损害开发者的利益。因此，即使技术上可行，也不建议进行此类活动。

综上所述，MT管理器在破解手游时面临诸多挑战，而且由于上述原因，它并不总是能够成功破解所有游戏。同时，我们应当尊重知识产权，避免参与任何非法活动。