在《方舟：生存进化》手游中，保护恐龙的方法主要有以下几种：

建造巨兽门：

巨兽门是一种特殊的门，可以围住恐龙，防止它们逃跑。这种方法比较方便。

建造围栏地基和墙壁：

在地基上建造墙壁和门，形成一个封闭的空间来保护恐龙。这种方法需要一些时间和资源，但可以提供更好的保护。

放置宠物门：

在围栏中放置特殊的宠物门，这样即使恐龙能够打开门，它们也无法逃脱。

禁止恐龙跟随：

将恐龙放在家里，并设置禁止跟随和侵略模式，这样恐龙就会攻击除玩家之外的任何人。需要注意的是，在河边和海边要防止恐龙跟着危险动物进入水中。

设置自动攻击：

在基地建个栅栏，把已驯服的宠物恐龙放里面，并设置成自动攻击，这样恐龙可以保护基地免受其他生物的侵扰。

综合以上方法，建议根据具体情况和需求选择合适的保护方式。如果需要更高的安全性和便利性，可以考虑结合使用巨兽门和围栏地基。如果是在基地内部保护恐龙，可以设置宠物门和自动攻击功能。