苹果手机进水后，如果CPU损坏，建议采取以下步骤进行处理：

立即关机并切断电源

防止短路和进一步损坏。

取出SIM卡

防止水分进入SIM卡槽和耳机插孔。

用纸巾或干布吸干表面水分

清除手机外部和缝隙里的水。

避免晃动手机

防止水流动造成更大面积沾水。

将手机放入密封袋中

可以加入干燥剂，帮助吸收内部水分，建议放置48小时。

尽快送往售后服务中心

如果手机无法开机，可能是主板、CPU等芯片短路烧坏，建议立即送修。

不要使用吹风机或其他热源

这可能会导致主板和其他部件进一步损坏。

考虑保修情况

如果在保修期内或购买了AppleCare+服务，可以联系苹果客服申请免费维修或更换。

选择正规可靠的维修机构

如果保修期已过，可以考虑将手机送到专业的第三方维修机构进行维修，但需要注意选择正规可靠的店铺。

备份重要数据

在送修前，尽量备份手机中的重要数据，以防数据丢失。

通过以上步骤，可以尽量减少手机进水对CPU的损害，并提高维修的成功率。如果不确定如何处理，建议尽快联系苹果官方客服或专业维修机构寻求帮助。